Аспирантура в Краснодарском государственном институте физической культуры была открыта в декабре 1992 года приказом Государственного комитета Российской Федерации по высшему образованию и Комитета Российской Федерации по физической культуре.
В 1993 году начала работу докторантура по специальностям: 13.00.04 «Теория и методика физического воспитания, спортивной тренировки, оздоровительной и адаптивной физической культуры», 03.00.13 «Физиология», 14.00.51 «Восстановительная медицина, спортивная медицина, курортология и физиотерапия», 13.00.08 «Теория и методика профессионального образования».
Начальником отдела аспирантуры и докторантуры с декабря 1992 года по ноябрь 2006 года был кандидат физико-математических наук профессор Василий Александрович Долгов. С ноября 2006 года по апрель 2015 года заведующей аспирантурой и докторантурой работала кандидат педагогических наук доцент Людмила Ивановна Просоедова. С апреля 2015 года по настоящее время подразделение аспирантуры и докторантуры возглавляет кандидат биологических наук доцент Олеся Андреевна Медведева.
За период работы аспирантуры и докторантуры подготовлены 229 кандидата наук и 11 докторов наук, из которых 96 ученых работают в настоящее время в Кубанском государственном университете физической культуры, спорта и туризма.
За последние десять лет в аспирантуру принято более 200 человек. Среди обучающихся - граждане Иорданского Хашимитского Королевства, Ливанской Республики, Федеративной Демократической Республики Эфиопии, Республики Ганы, Республики Сьерра-Леоне, Оккупированной Палестинской территории, Социалистической Республики Вьетнама, Боливарийской Республики Венесуэлы, Республики Камеруна, Китайской Народной Республики, Туркменистана, Сирийской Арабской Республики и других стран.
В числе выпускников аспирантуры и докторантуры в разные годы были представители министерства физической культуры и спорта Краснодарского края, администрации и профессорско-преподавательского состава университета, руководители спортивных федераций Краснодарского края.
Аспиранты ежегодно участвуют в конкурсах на соискание стипендий Президента Российской Федерации, Правительства Российской Федерации, Олимпийского комитета России, администрации Краснодарского края, в губернаторском конкурсе молодежных инновационных проектов «Премия IQ года».
Стипендии Президента Российской Федерации в разные годы были удостоены аспиранты Чижик Л., Медведева О., Крайнова Т., Самарский Д., Тришин Е., Шестаков О., Ильичева В., Маринович М., Полубедова А.
Стипендию Правительства Российской Федерации завоевывали аспиранты Медведева О., Ильичева В., Жигунова Н., Китова Я., Полубедова А., Маринович М.
Стипендию Олимпийского комитета России получали аспиранты Павельев И., Василиади А., Арзамасцева Н., Шевченко А., Шестаков О., Малиновский М., Орехов В.
Стипендия администрации Краснодарского края назначалась аспирантам Головко П., Ермаку В., Маринович М., Полубедовой А., Серопяну Н., Остапчук А.
Лауреатами губернаторского конкурса молодежных инновационных проектов «Премия IQ года» стали аспиранты Крайнова Т., Сердюкова Е., Зинченко А.
Стипендиатом специальной молодежной стипендии Краснодарского края стала аспирант Чернова Т.
Авторами и обладателями свидетельств о государственной регистрации программ для ЭВМ стали аспиранты Бут И. («Программа расчета результатов теста Абалакова с WEB-интерфейсом»), Карпов А. («Программа определения равновесия экипажных лодок»).
С 2016 года по итогам учебного года традиционно проводится Ежегодная отчетная научная конференция аспирантов и соискателей университета, с привлечением ведущих ученых вуза, в рамках которой определяют победителей и призеров Конкурса научно-исследовательских работ.
В аспирантуре обучались и обучаются известные спортсмены:
· Чернова Татьяна – заслуженный мастер спорта по легкой атлетике, неоднократный победитель чемпионатов мира среди юниоров, бронзовый призер XXIX и XXX Олимпийских игр, победительница всемирной Универсиады (Казань, 2013).
· Шевченко Анатолий – мастер спорта международного класса по дзюдо, неоднократный призер чемпионатов России, Европы и мира, участник Паралимпийских игр (Пекин, 2008, Лондон, 2012), чемпион мира (США, 2014), призер Кубка мира (Сеул, 2015), призер чемпионата Европы (Лиссабон, 2015), победитель гран-при по дзюдо среди слабовидящих (Бразилия, 2016). Бронзовый призер летних Параолимпийских игр (Токио, 2020).
· Кудинова Надежда – мастер спорта России, мастер спорта международного класса, неоднократный призер чемпионатов Росси, Европы и мира, член символической сборной мира по регби-7 (2013), победитель XXVII Всемирной летней универсиады (Казань, 2013). В 2025 году введена в Зал славы Федерации регби России, признана регбисткой года сезона 2025.
· Шестаков Олег – заслуженный мастер спорта России по стрельбе из лука, неоднократный чемпион Европы и мира, Чемпион Паралимпийских игр (Лондон, 2012), Чемпион мира (Тайланд, 2012).
· Брайко Дмитрий – мастер спорта международного класса по пулевой стрельбе, победитель и призер чемпионатов Европы и мира, всемирных универсиад, победитель XXVII Всемирной летней универсиады (Казань, 2013).
· Шаинова Марина – заслуженный мастер спорта России по тяжелой атлетике, рекордсменка России, четырёхкратная чемпионка Европы (2005, 2006, 2007, 2011), призер Чемпионата мира (2007), победитель Первенства мира (2005, 2006), серебряный призер XXIX Олимпийских игр.
· Дурыманова Регина – мастер спорта России по универсальному бою, мастер спорта международного класса по рукопашному бою, победитель и призер Чемпионатов России по универсальному бою среди женщин (2013, 2017).
· Игольников Михаил - победитель первенства Европы (2011 – 2013), победитель первенства Мира (2011) и бронзовый призёр (2013). Обладатель восьми золотых медалей Кубков Европы (2011 – 2014), победитель Юношеского Европейского Олимпийского Фестиваля (Голландия, 2013). Чемпион Европы (Тель-Авив, 2018; Чехия, 2020). Бронзовая медаль на чемпионате Европы (Лиссабон, 2021). Золото чемпионата России в (Екатеринбург, 2025) и победа на турнире «Большой шлем» (Астана, 2025).
· Хандожко Сергей - Мастер спорта по армейскому рукопашному бою. Мастер спорта по ашихара-каратэ. Синий пояс по бразильскому джиу-джитсу. Обладатель кубка Москвы по панкратиону (2011). Чемпион Москвы по ушу-саньда. Чемпион Москвы по армейскому рукопашному бою. Чемпион России по ашихара-каратэ. Чемпион мира по универсальному бою. Обладатель премии «Лучший бой вечера» (один раз) против Дуайта Гранта (2022).
· Винник Данил - победитель и призер Чемпионатов Мира по кикбоксингу (Греция, 2013, 2014; Египет, 2021). Чемпион кубка Мира по кикбоксингу World cup Diamond (Россия, 2015). Призер Чемпионата Европы по французскому боксу (Франция, 2015). Победитель VII Всемирных игр (кикбоксинг) (Беларусь, 2017). Победитель Чемпионата России по французскому боксу САВАТ (2014, 2016, 2017). Победитель Чемпионата России по кикбоксингу среди профессионалов (ФКР) (2016).
Со вступлением в действие Федерального закона «Об образовании в Российской Федерации» № 273-ФЗ от 29 декабря 2012 года аспирантура становится третьей ступенью высшего образования.
С 1 сентября 2014 года аспирантура Кубанского государственного университета физической культуры, спорта и туризма начала осуществлять подготовку кадров высшей квалификации в соответствии с Федеральными государственными образовательными стандартами высшего образования по следующим аккредитованным направлениям: 06.06.01 Биологические науки; 30.06.01 Фундаментальная медицина; 37.06.01 Психологические науки; 44.06.01 Образование и педагогические науки; 49.06.01 Физическая культура и спорт.
Со вступлением в действие Федерального закона «О внесении изменений в закон «Об образовании в Российской Федерации» и отдельные законодательные акты Российской Федерации» № 517-ФЗ от 30 декабря 2020 года и постановлением Правительства Российской Федерации № 2122 от 30 ноября 2021 года «Об утверждении Положения о подготовке научных и научно-педагогических кадров в аспирантуре (адъюнктуре)» освоение программ аспирантуры осуществляется по научным специальностям, предусмотренным номенклатурой научных специальностей, по которым присуждаются ученые степени в соответствии с Федеральными государственными требованиями (приказ Министерства науки и высшего образования Российской Федерации № 951 от 20 октября 2021 года).
С 15 апреля 2022 года в аспирантуре университета осуществляется приём по пяти научным специальностям, включенным в лицензию университета, только по очной форме обучения:
· 5.8.4. Физическая культура и профессиональная физическая подготовка;
· 5.8.5. Теория и методика спорта;
· 5.8.6. Оздоровительная и адаптивная физическая культура;
· 3.1.33 Восстановительная медицина, спортивная медицина, лечебная физкультура, курортология и физиотерапия, медико-социальная реабилитация;
· 1.5.5. Физиология человека и животных.